Antes de desligar seu servidor é necessário parar o serviço do oracle pois quando você religar o servidor o serviço não vai subir automaticamente.

mão na massa!

Na console do linux faça o seguinte

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sqlplus / as sysdba
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shutdown immediate

Depois disso de exit e digite

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#lsnrctl stop

Agora é só desligar o servidor as duas formas mais comuns são:

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#/sbin/shutdown -h now
e
#/sbin/shutdown -r now
 
a opção -h suspende a máquina, e a opção -r reinicializa.